反面人物如同拍苍蝇一样被一个个的干掉了，也许是导演直白的暗示：男主角的行为不是冲突发生的真正地点。真正的对决，是在面具的前面与后面。
沃卓斯基就是那种近乎于生活在自己的世界里的人，他们并不关心现实中的世界，而是以夸张离奇的方式来构建一个光怪陆离的世界，创建一个独立于普遍的常识的语境与维度。在这个他们自己划定的世界中，他们创立那个世界中的道德，法则，世界观，并且构建出两种相互对立的力量，在这两种力量相互斗争与相互依存的过程中，向着人性进行深层次的挖掘，照亮我们心中自己未曾觉察的部分。
斗争是沃卓斯基兄弟电影的永恒的主题，而且，对于斗争的描述，如同一把锐利的手术刀，含混不清的概念被一层层的抽丝剥茧的剖开。在末路狂花中，结局是斗争中的彻底毁灭，在黑客帝国中，结局是妥协中的回光返照，而在这部电影里，体现出的是对西方意识形态中的二元对立的意识形态的质疑。
人与思想的关系，第一次在电影里以相互对立的关系来提出。而最令人叫绝的，是他们之间所处的地位的相互颠倒的关系。思想本来是抽象的，飘忽不定的，暧昧不清的，在这里，却通过一张面具而具象化，人格化，它有身份，有名字。但是面具后面的人，却没有记忆，没有名字，没有身份。就是通过这种奇特的颠倒的关系，思想这个事物得以在一个全新的角度上被审视。
我们总是以为，思想是人的思想，是人的智慧与性格的衍生物。电影却在告诉我们，思想不仅会脱离于人的控制能力的范围，而且还会反过来支配人。人的本性中的恶，会在各种各样的偏激的理论中找到它的合理性，这些力量汇聚在一起，就会形成一种难于驾驭的可怕的惯性，这种惯性，就潜藏在思想的名义中出现。
火药阴谋发生的年代，也是人类将自己置于宇宙的中心，体系化的哲学思想渐渐开始形成的年代。火药阴谋这件壮举，可能是第一件思想驱动人来完成的事件。男主角佩戴者福克斯的面具，反复提及火药阴谋，真正的目的是通过毁灭大厦来消灭思想，这奴役人类的怪物。
思想的主题之外，还有一个副主题，v与 evey的关系。
问世间情为何物？沃卓斯基给出了殊途同归的结论：以生死相许。
女主角的出现是男主角感到痛苦的根源。自认为出离了对于自我的执着，却又一不小心步入了爱情的牢笼。因为女主角，因为要付出一份感情，所以，面具后面的那个自我，又再一次形成。
什么事恨，什么是爱，也是这部电影试图阐释的。男主角从烈火中走出，向天空高举，女主角在雨中做出了同样的动作。显然，这里是有隐喻的。
双臂举向天空，象征人摆脱了束缚，得到了自由。男主角从仇恨中出离，女主角从欲爱中出离。火象征仇恨，水象征着欲爱。
仇恨是一种纯粹而剧烈的力量，能够在瞬间毁灭事物。男主角在肉体的折磨和仇恨的煎熬中，一次顿悟使得他突破了自我的樊篱，觉察到了自心中的无穷无尽的世界，步入了自由与澄明的世界。
情爱是一种暧昧不清的，消融的力量，是一种难于觉察的向心力，是一种水性的力量，就像是河流，湖泊，沼泽地，一不留神你就可能沉溺在此。
就是在一不留神的时候，男主角发现自己已经爱上了女主角。可是为时已晚，他早已经无力自拔。因为这份爱情，他开始难于完成自己的使命。因为要付出一份感情，面具后的那个自我便开始在不知不觉之间形成。所以，在启动列车之前，男主角要求女主角来做这个决定。这本身就是他内心中的力量已经耗竭的暗示。他来自于火性的力量，与作为爱情的水性的力量相互消融，面具后面形成的自我，面对着一份无处安放的爱情，如同没有一棵可以攀爬的树，这才是电影中力图表达的冲突的根源。
在女主角不知情的情况下，男主角劫持她到自己的住处，折磨她，对她用刑，差点让她死掉。由此看出，他是多么希望她出卖，背叛他，让他感到失望，从而看破这虚妄的爱情。而传给女主角纸条所讲述的故事，是要让女主角懂得，爱情的美丽在于它的毁灭过程。爱情就是一片荒芜的盐沼，看起来美丽而又永恒，却又让身临其境的人迷失与沉溺。
结局恰恰相反，女主角再执着到极致的时刻，在一念之间的顿悟中豁然开朗。她终于觉察到了在欲爱执着后面的无穷无尽的自我。在放下了狭隘的爱情的时候，她感觉到自己的爱的本能在世界中已经漫无边际的扩展至无穷无尽。犹如自天而将的雨露，环绕着你，同事又洒遍世界的每一个角落。这就是无边无际的爱，因为此时此刻的自我的存在而产生的狂喜。所以，女主角不仅感叹到：上帝在雨中。
每完成一次暗杀，男主角都会留下一朵玫瑰。寓意在于，复仇就是相互对立的两股力量的中和。一切已经结束，化为虚无。你曾经的罪过，是你曾经的选择，如今的你虽然不再是从前的你，但是你已经身处敌对的立场。你要随着你的立场一起与我同归于尽。
所以，在列车中，男主角在自己身上洒满了玫瑰，来为自己送葬。
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